A "sopa escolar" constituiu a primeira forma de suplementação alimentar; era preparada nas residências das famílias e transportada até as escolas. Nessa época, entretanto, não havia a preocupação com o estado nutricional da criança que recebia o alimento, pois, a desnutrição protéico-energética - DPE, deficiência só identificada na década de 30, ainda não se definia como tal. O que se pretendia era minimizar a fome das crianças que chegavam à escola sem ter ingerido qualquer alimento.
Em 1940 foi criado o Serviço de Alimentação da Previdência Social (SAPS), com o objetivo de promover a instalação de refeitórios em empresas de grande porte e fornecer refeições em empresas de menor porte. No Rio de Janeiro, passou a oferecer um programa de desjejum escolar para filhos de operários, composto de leite, frutas e pão.
No Estado de São Paulo, em 1945, com a criação da Seção de Nutrição no Serviço de Saúde Escolar, vinculado à Secretaria de Educação do Estado, a assistência alimentar, até então desenvolvida empiricamente em algumas escolas, tomou novas diretrizes. A partir de 1947 foi instituído o Programa de Merenda Escolar (PME) pelo esforço e dedicação de um grupo de nutricionistas preocupadas com a situação alimentar do escolar. Posteriormente, as atividades de educação alimentar desenvolvidas por esse grupo de especialistas, despertaram o interesse das autoridades ligadas ao ensino, as quais apoiaram esse trabalho com doações orçamentárias para atender à merenda nas escolas.
Nas décadas de 50 e 60, o Brasil recebia doações de leite em pó desnatado destinados aos estados do Nordeste, que, posteriormente foi estendido ao resto do país, recebidos como programas de ajuda alimentar implantados pela ONU/FAO/UNICEF como mecanismo para os países capitalistas liberarem excedentes de produção.
Em 1954 foi criada a "Comissão Nacional de Alimentação" (CNA) com a finalidade de racionalizar os Programas de Merenda Escolar - PME - existentes e, ao mesmo tempo, de ampliar sua ação às regiões ainda não beneficiadas. No ano seguinte, em seu lugar, surgiu a Campanha de Merenda Escolar (CME), órgão subordinado ao Ministério da Educação e Cultura. Neste ano, foi feita a primeira edição da "Cartilha da Merenda Escolar", onde a introdução de Josué de Castro inclui o Programa Nacional de Merenda Escolar como elemento essencial para a luta contra a fome e a subnutrição.
Em 1955 é instituída a Campanha Nacional de Merenda Escolar (CNME) pelo Decreto Federal n. 37.106, que define as atribuições desse órgão, voltadas para o incentivo da merenda escolar, a melhora do valor nutritivo e a promoção de medidas para a aquisição de produtos ricos em proteínas e vitaminas.
Em 1957, após convênio realizado com a CME, as atividades da Seção de Nutrição do Serviço de Saúde Escolar estenderam-se por todo o interior do Estado de São Paulo, dando maior importância e destaque ao PME.
Em 1966, a CNME passa a denominar-se Campanha Nacional de Alimentação Escolar (CNAE), que passa a abranger também os estudantes dos cursos supletivos, parte do curso secundário e dos pré-escolares. Com o fim da ajuda externa em 1972, o governo assumiu, quase na totalidade, os custos do Programa Nacional de Alimentação Escolar (PNAE).
Nesse momento, o governo criou o Instituto Nacional de Alimentação e Nutrição - INAN (Decreto nº 5829/72), autarquia vinculada ao Ministério da Saúde, com o objetivo de estabelecer diretrizes para a Política Nacional de Alimentação e Nutrição, consolidadas, no I Programa Nacional de Alimentação e Nutrição - PRONAN I.
Em fevereiro de 1976, foi aprovado o PRONAN II, que englobou também o PNAE, que tinha como objetivo proporcionar suplementação alimentar aos escolares do 1º grau matriculados nos estabelecimentos de ensino público e aos pré-escolares, através da proposta de fornecimento de uma refeição de valor nutricional equivalente a 15 % e até 30% das recomendações nutricionais diárias, durante o ano letivo.
Após quase vinte e sete anos de existência, a CNAE, pela Portaria 708 de 22/12/81, transformou-se no Instituto Nacional de Assistência ao Estudante (INAE), órgão que tem como finalidade assegurar os instrumentos e condições de assistência ao educando e foi o precursor da Fundação de Assistência ao Estudante – FAE, criada em 1983 e extinta em 1997.
Na década de 80, ocorreram mudanças internacionais que se evidenciaram também no Brasil. Surgiram propostas que estimulavam a participação da comunidade e de organizações não governamentais, que promoviam o processo de descentralização/ municipalização no âmbito das políticas sociais, provocando alterações no Programa de Alimentação Escolar.
Em 1988, a alimentação escolar consagrou-se como direito constitucional, sendo dever do Estado garantir, no mínimo, 15% das necessidades nutricionais diárias do escolar.
Em 1990, a FAE incluiu entre os objetivos do PNAE a elevação dos níveis alimentares e nutricionais dos estudantes, visando à melhoria do rendimento e redução da evasão escolar.
No final do ano 1992, o governo federal engajou-se de forma mais efetiva na descentralização do Programa de Alimentação Escolar, estabelecendo convênios para repassar recursos diretamente para a maioria dos Estados. Em 1994, a política de descentralização visava atender a todos os Municípios do país que possuíam infra-estrutura operacional e administrativa para gerenciar o Programa. A lei referente a descentralização (Lei nº 8913/94) determinou a necessidade de nutricionistas para elaborar os cardápios e ressaltou a importância dos Conselhos de Alimentação Escolar (CAE).
Em 1996, foi publicada a Portaria nº 291 de 08/08/96, que determina a adoção na composição do cardápio o requerimento mínimo de 350 kcal de energia e de 9 gramas de proteínas, buscando harmonia na composição nutricional dos alimentos e sua adequação às diferentes realidades e carências da região.
Com a extinção da FAE, suas funções foram assumidas pelo Fundo Nacional para o Desenvolvimento da Educação (FNDE).
No final de 1998, foi publicada a Medida Provisória nº 1784 que dispõe sobre o repasse de recursos financeiros do Programa Nacional de Alimentação Escolar e, em janeiro de 1999, com a Resolução FNDE nº 02, o Governo Federal mantém o objetivo nutricional do Programa, fixando em 15% das necessidades nutricionais diárias no fornecimento dos cardápios da merenda escolar, sendo esses elaborados por nutricionistas.
No ano 2000, as reedições da Medida Provisória 1784/98 mantiveram o texto original. O FNDE, em março do mesmo ano, publicou a Resolução nº 07, que detalhou as características do cardápio enfatizando a necessidade de que os produtos industrializados obedeçam aos PIQs (Padrões de Identidade e Qualidade) estabelecidos pelos Ministérios da Saúde e da Agricultura (DOU 2000).
Em 2001, a Medida Provisória 2178-36 estabelece critério para o repasse de recursos financeiros para a execução do PNAE.
Em 2003, a Resolução nº 35 (1/10/2003) dá continuidade ao processo de repasse de recursos financeiros, incluindo os alunos de Creche, estabelecendo o valor de R$ 0,18 por criança.
Em 23 de agosto de 2004, o Ministério da Educação, através do FNDE publicou a Resolução n° 38 que estabelece critérios para a execução do Programa Nacional de Alimentação Escolar (PNAE). Esta Resolução detalha as formas de transferência legal de recursos financeiros do governo federal aos órgãos responsáveis pela aquisição de alimentos, bem como as normas para os participantes do PNAE e as formas de gestão.
Esta Resolução determina, também, que o cardápio da alimentação escolar, sob a responsabilidade dos Estados, do Distrito Federal e dos Municípios, será elaborado por nutricionista habilitado, que deverá assumir a responsabilidade técnica do programa, com o acompanhamento do Conselho de Alimentação Escolar (CAE). O cardápio deverá ser programado de modo a suprir, no mínimo, 15% das necessidades nutricionais diárias dos alunos matriculados em creche, pré-escola e ensino fundamental e, no mínimo. 30% das necessidades nutricionais diárias dos alunos das escolas indígenas, durante sua permanência em sala de aula.
Em maio de 2006, o FNDE aumentou os recursos destinados ao Programa Nacional de Alimentação Escolar – PNAE. O valor per capita/dia para alunos da creche, pré-escola e do ensino fundamental passa de R$ 0,18 para R$ 0,22 reais e, para educação indígena e escolas quilombolas de R$ 0,34 para R$ 0,44
Nesse mesmo ano, a Resolução n° 32 amplia a visão do Programa, inserindo os Princípios e Diretrizes do PNAE que visam garantir a alimentação escolar saudável, conforme previsto na Portaria Interministerial nº 1.010, de 8 de maio de 2006, do Ministério da Educação e do Ministério da Saúde
Em 2009, a sanção da Lei n° 11.947, de 16 de junho, trouxe novos avanços para o PNAE, reforçando o direito humano a alimentação escolar com uma alimentação adequada e saudável para todos os escolares. Estende o programa para toda a rede pública de educação básica e de jovens e adultos, e garante que 30% dos repasses do FNDE sejam investidos na aquisição de produtos da agricultura familiar.
A lei nº 11.947 também incluí a educação alimentar e nutricional no processo de ensino e aprendizagem, inserida no próprio currículo escolar com enfoque no tema alimentação, nutrição e desenvolvimento de práticas saudáveis dentro do contexto da segurança alimentar e nutricional.
A Resolução n° 38, de julho de 2009, normatiza o Programa considerando a lei 11.947, e estabelece os princípios, diretrizes e critérios para cardápios, alimentos, objetivos nutricionais, testes aceitabilidade , agricultura familiar , entre outras questões, proporcionando um grande avanço na regulamentação do Programa.